Faktury elektroniczne wbrew przekonaniu wielu ludzi również podlegają drobiazgowej i dokładnej kontroli Urzędu Skarbowego oraz wszelkim instytucjom, które są mu podległe.
Dlatego, każdy kto posługuje się fakturami elektrycznymi zobowiązany jest tak prowadzić dokumentację wszystkich transakcji, aby dostęp do niej był możliwy o każdej porze, bez żadnych wyjątków. Jeśli korzystamy z e-faktur powinniśmy być w stanie udostępnić odpowiednie łącze internetowe, dzięki któremu urzędnicy będą mogli skontrolować prawidłowość prowadzenia dokumentacji oraz sprawdzić wiarygodność i poprawność wszystkich faktur.
Oprócz elektronicznej formy wszystkich faktur podatnik powinien posiadać również inne dokumenty, które być może będzie musiał okazać podczas ewentualnej kontroli. Te dokumenty to wszelkie oświadczenia i zaświadczenia, a także wszystkie dane dotyczące bezpiecznego podpisu elektrycznego. Kontrolowanie podatnika posługującego się fakturami elektronicznymi jest o wiele sprawniejsze niż w przypadku tradycyjnych, papierowych faktur. Cały proces przebiega o wiele szybciej, bo łatwiej można wyśledzić wszelkie nieprawidłowości.
Oprócz tego warto wspomnieć o tym, że wprowadzenie faktur elektronicznych do systemu rozliczeń daje bardzo duże oszczędności w skali całego kraju. Dlatego jak najwięcej osób powinno zainteresować się ta formą fakturowania, gdyż niesie ona oszczędności nam wszystkim. Nie da się też nie zwrócić uwagi na to, że dzięki fakturom elektronicznym zaoszczędzamy mnóstwo miejsca i możemy utrzymać o wiele lepiej uporządkowaną dokumentację.